DNA连接酶在辅助因子ATP的作用下，可催化双链DNA或RNA上的5'-磷酸末端和3'-羟基末端之间形成磷酸二酯键，可用于催化平末端或黏性末端之间的连接反应，也可修复双链DNA、RNA或DNA/RNA杂交双链中的单链切口。
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